17世紀、海賊たちが大海原を荒らしまわっていた遥かなる時代。カリブ海の港町ポートロイヤル。美しい総督の娘エリザベスはかつて海上で助けた少年ウィルが身につけていた黄金のメダルを手に入れ、今も密かに保管していた。そんなある日、突然ブラックパール号に乗ったキャプテン・バルボッサ率いる冷酷な海賊たちが町に現われ、エリザベスがさらわれてしまう。海賊の目的は、彼女がその時身につけていた例のメダルだった。一方、鍛冶屋で働く逞しい若者へと成長したウィルは、幽閉されていた元ブラックパール号船長で一匹狼の海賊ジャック・スパロウと手を組み、エリザベスの救出に向かうのだが…。